L’Assemblée générale regroupe tous les adhérents de l’association ; elle élit en son sein un bureau exécutif. Une délégation générale assure l’administration courante et la mise en œuvre des décisions des instances de l’AEM ainsi que les contacts avec les diverses instances européennes, nationales ou régionales intervenant directement ou indirectement dans les régions de montagne. Un cabinet comptable assure la gestion financière vérifiée par un Commissaire aux comptes ; une équipe de traducteur extérieure apporte son concours en tant que de besoin.

Peuvent adhérer à l'AEM, des collectivités territoriales, des élus (du maire au parlementaire européen) ayant dans leur ressort ou représentant des régions de montagne, ainsi que des organisations les regroupant, des pays membres de l'Union européenne ou du Conseil de l’Europe.

L’adhésion se marque par : une lettre déclarative, comprenant éventuellement copie des délibérations, la désignation d’un représentant, le paiement de la cotisation annuelle.

L’Assemblée générale

L’Assemblée générale, qui se réunit annuellement, regroupe tous les adhérents de l’AEM, et peut accueillir des personnalités qualifiées et des observateurs à ses réunions.

Chaque adhérent dispose pour voter au sein de l’assemblée générale d’un nombre de mandats définit proportionnellement au montant de la cotisation qu’il verse. Ainsi sont à la fois préservés les intérêts des minorités, mais aussi ceux des grandes organisations ou collectivités territoriales adhérentes.L’assemblée générale définit les orientations et la politique générale de l’AEM, fixe les actions à mener et en contrôle la mise en œuvre. Elle élit en son sein un Bureau exécutif.

Le Bureau exécutif

Comportant au maximum 35 sièges, le bureau exécutif est élu pour trois ans ; toutes les délégations nationales y sont représentées, en fonction de la superficie et de la population des régions de montagne, mais aussi du nombre d’adhérents dans chaque pays. Il est en particulier veillé à ce que les sièges soient équitablement répartis entre toutes les sensibilités politiques et tous les massifs montagneux.

 Le Bureau exécutif se réunit au moins deux fois par an et met en œuvre les décisions de l’Assemblée générale. Le Président, les 1er et 2nd Vice-présidents délégués, le porte-parole, les Vice-présidents et le Trésorier sont élus par les membres du Bureau exécutif. L’alternance, à la fois politique et géographique est prévue pour les fonctions de président et les 1er et 2nd vice-présidents délégués. Ceux-ci ne sont donc pas immédiatement rééligibles.

Le Bureau exécutif met en œuvre les décisions de l’Assemblée générale, prépare le budget, et assure l’administration de l’organisation.

Le Secrétariat général

Le Secrétariat général anime l’organisation et exécute les décisions de l’Assemblée générale et du bureau exécutif. L'organisation se répartit entre une activité tecnico-adminstrative autour des questions de montagne à  Chambéry, et une activité à Bruxelles, tournée autour des sujets liés aux Insitutions européennes.

Financement

Le financement de l’AEM est assuré par les cotisations que lui versent ses adhérents. Les cotisations des adhérents sont calculées, par catégorie de collectivités territoriales, et en fonction de l’importance de leur population.